Государственный природный заповедник Барсакельмес был организован в 1939 году и стал четвертым в Казахстане после таких заповедников, как Аксу-Джабаглы, Наурзумский и Алматинский. Заповедник Барсакельмес был расположен на одноименном острове в северозападной части Аральского моря. Долгое время экосистемы заповедника были изолированы от материковых и это способствовало сохранности практически в неизменном виде.